海洋中有自养和异养、光能和化能、好氧和厌氧、寄生和腐生以及浮游和附着等类型的细菌。几乎所有已知生理类群的细菌，都可在海洋环境中找到。最常见的有：假单胞菌属、弧菌属、无色杆菌属、*杆菌属、螺菌属、微球菌属、八叠球菌属、芽孢杆菌属、棒杆菌属、枝动菌属、诺卡氏菌属和链霉菌属等十多个属。在海水中，革兰氏阴性杆菌占优势。
目前的研究发现海洋中大约有多种细菌，从南北极的冰下到最深的万米海沟底部处处皆有。若有适宜的基质（悬浮有机物、藻类、动物尸体等）供它们粘附，它们就会很快粘附并且利用其中的营养物质快速繁殖，所以，海底的底质中的细菌比上层水体中的细菌要多（在海水中有机物较多时，细菌可达万／毫升以上）；浅海底的细菌要比深海底的细菌多。
细菌使海洋里的动植物尸体、粪便和其他有机物腐烂、分解，最后都变成二氧化碳、硝酸盐、磷酸盐等无机化合物。这些化合物就像农业上用的化肥一样，作为养料提供给底栖藻类和浮游藻类进行光合作用重新生产有机物。细菌不同，喜欢分解的有机物也不同：有些细菌喜欢分解纤维素，另一些爱分解几丁质（虾蟹的壳），还有一些专门分解蛋白质，有的细菌甚至还能慢慢地降解石油。所以，无论是单细胞的放射虫，还是海中霸王鲨鱼或带有硬壳的虾蟹，死亡以后都会统统被它们消灭掉。细菌是有机物的分解者，在海洋或池塘食物网中起着关键性的作用。若没有它们的分解，沉到海底或池底的动物尸体和植物残体会越积越多，而水中的养料会越用越少，物质循环迟早会无法继续维持下去。正是由于细菌的分解，才会将它们由大变小，既为一些吃碎屑的动物（如海参）提供了食物，又能最终将有机物分解成无机物，使它们回归于海水之中，为进行光合作用的藻类提供养料。
在海洋食物链中的作用海洋细菌多数是分解者，有一部分是生产者，因而具有双重性，参与海洋物质分解和转化的全过程。在厌氧条件下，有机物质分解的最终产物是甲烷、硫化氢、氨氮、亚硝酸盐等;在多氧条件下,有机物质的分解比较彻底，转变为二氧化碳、硝酸盐、硫酸盐、磷酸盐等物质，都直接或间接地为海洋藻类提供营养。可见，细菌在海洋无机营养再生过程中起着重要的作用。海洋细菌自身增殖的生物量，也为海洋原生动物、浮游动物以及底栖动物等提供直接的营养。除异养细菌外，某些海洋细菌具有光合作用的能力。另一类海洋化能自养的细菌，从氧化氨、硝酸盐、甲烷、分子氢和硫化氢等中取得能量而增殖。因此细菌在海洋生态系食物链中的作用，已引起重视。 海洋有益细菌参与降解各种和*物的过程，有助于保持海洋生态系的平衡和促进；海洋有益细菌是产生新抗菌素、氨基酸、维生素和其他生理活性物质的重要生产者，由于海洋有益细菌的拮抗和溶菌作用，致使条件致病菌和腐败菌迅速死亡；海洋有益细菌可直接分解和处理海洋经济动物的饵料，提高这些饵料的吸收利用率；海洋里也有不少细菌能引起疾病，这些细菌多数是革兰氏阴性菌，其中弧菌占多数。许多海洋哺乳动物、鱼虾、海参、海蜇等因感染而引起的疾病。在厌氧或高温条件下，海洋细菌代谢产物的积累会*化养殖环境，如氨和硫化氢的积累危害海参、海蜇或对虾的养殖。
海水中营养物质虽然较为稀少，但海洋中各种固体表面和不同性质的界面上，却吸附积聚着较为丰富的营养物。绝大多数海洋细菌都具有运动能力，某些细菌还具有沿着某种营养物质的浓度变化而移动的能力。某些专门附着于海洋藻类表面和粘附于池塘底质表面固定成膜生长的细菌，对于海洋生物和近岸池塘养殖的海洋经济动物（海参、对虾、海蜇、海水鱼等）有重要影响，特别是当附着或粘附类细菌为腐败菌或条件致病菌时，就会与死亡的藻类产生的氨氮、硫化氢等以及藻类本身所含有的某种*素类物质混合到一起形成所谓的“草*素”对于喜欢摄食死藻（死亡的*管菜、绿管菜、海绵花等）、底栖藻类、池底底泥的海参来说，就更加致命了，轻则消化道感染，状态不佳，不摄食，重则大面积回礁，甚至吐肠，以求自保。
在近海池塘生态系统中，细菌微生态系统经历着剧烈的变动而又不断地保持着动态平衡,始终富有生命力和生产力,海洋细菌在其中起着重要的作用。当的动态平衡遭受某种破坏时，大量投加海洋有益菌（水嫩爽），水嫩爽以其敏感的适应能力和极快的繁殖速度，迅速形成优势微生物区系，积极参与氧化、还原活动，抑制有害微生物，调整和促进池塘新动态平衡的形成和发展。
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